Das Regionale Entwicklungskonzept "Erfurter Seen" sieht vor, dass fünf der durch den Kiesabbau entstandenen Seen für Freizeitaktivitäten genutzt werden. Die Angebote für Badegäste und Wasser­sportler werden mit der weiteren Entwicklung der Seenlandschaft ausgebaut.
Schon heute sind an den "Erfurter Seen" verschiedene Wassersportvereine und kommerzielle Anbieter aktiv.

Der Alperstedter See ist bekannt für vereinsmäßig betriebenes Segeln, Kutter-Rudern und Seesport­mehrkampf. An den verschiedenen Wett­kämpfen nehmen nicht nur Wassersportler aus Thüringen teil, die Teilnehmer kommen auch aus anderen Bundesländern und europäischen Staaten. Eine Surf- und Tauchschule bietet am Alperstedter See Kurse für Anfänger und Fortgeschrittene an. Taucher, Surfer und Paddler gehören ebenfalls zu den ständigen Nutzern des Alperstedter Sees. Nicht zu vergessen ist der jährliche Drachenboot-Cup.

Der Stotternheimer See bietet mit seinem Strandbad nicht nur Badegästen einen angenehmen Aufenthalt, er ist auch jährlicher Austragungsort des Lang­strecken­schwimmens. Ein Ur-Boot-Rennen bietet Gaudi für alle Beteiligten und Zuschauer. Auch am Stotternheimer See sind gelegentlich Taucher anzutreffen.

Das Befahren der "Erfurter Seen" mit Booten, die mit Verbrennungsmotor betrieben werden, ist nicht unproblematisch. Erlaubt sind Rettungsboote und Begleit­fahrzeuge bei offiziellen Veranstaltungen. Lediglich auf dem Schwerborner See ist einem Wassersportverein das Fahren mit Jetski gestattet.

Diese verschiedenen Wassersport- und Erholungs­nutzungen dürfen sich nicht gegenseitig beeinträchtigen oder zu Lasten von Natur und Umwelt gehen. Neben der Beachtung der "10 Goldenen Regeln des Wassersports" soll eine See-Ordnung zukünftig dieses Miteinander regeln.