Das unmittelbare Seengebiet nördlich von Erfurt weist keine natürlichen Stillgewässer auf, wird aber infolge der sich im Grundwasserbereich vollziehenden Kies- gewinnung durch eine größere Zahl von Abbau- gewässern geprägt. Überwiegend handelt es sich um Baggerseen mittlerer Größe.

Aus einer früheren, weniger stark technisierten Phase der Kiesgewinnung stammen einige kleine, wasser- gefüllte Altabgrabungen am nördlichen Ortsrand von Stotternheim.

Die Entwässerung der Gera-Niederung erfolgt ober- und unterirdisch in nördliche Richtung. Bei der am Westrand des Seengebietes verlaufenden Schmalen Gera handelt es sich um ein künstliches Fließgewäseer, das zum Hochwasserschutz für die Stadt Erfurt angelegt wurde und heute in Teilabschnitten einen naturnahen Charakter aufweist.

Die nordwestliche Begrenzung des Seengebietes bildet die Klinge, ein zur Entwässerung angelegter Melo- rationsgraben, der in seinem nördlichen Abschnitt geringe Mengen fließenden Wassers aufweist.

Die Klinge mündet einige Kilometer nördlich des Seengebietes in die Gramme, diese wiederum bei Wundersleben in die Unstrut.

Der Nordteil des Raumes weist ein System aus Melorationsgräben auf, die sämtlich durch geringe und nur zeitweise Wasserführung gekennzeichnet sind.

Die Fließrichtung des Grundwassers ist ebenfalls nach Norden. In die Baggerseen fließt das Grundwasser aus südlicher Richtung ein und fließt nach Norden aus dem See wieder ab, um im nächsten nördlichen See wieder auszutreten.