Die „Erfurter Seen“ sind im gewässerarmen Thüringer Becken eine Bereicherung als Lebensraum für zahlreiche Pflanzen- und Tierarten.

Durch den Kiesabbau wird eine Dynamik in der Landschaftsgestaltung entwickelt, die teilweise an natürlich fließende Gewässer erinnert. Offene Kies- und Sandbänke entstehen, steile Uferböschungen der Kiesgruben bilden Abbrüche an den Prallhängen nach.

Da diese Lebensräume an den Flüssen größtenteils verloren gegangen sind, werden Kiesgruben, so auch die „Erfurter Seen“, zu Ersatzbiotopen für bedrohte Tierarten wie Kreuz- und Wechselkröte, Flussregen- pfeifer, Steinschmätzer oder Uferschwalbe.

Im späteren Entwicklungsstadium eines Baggersees erscheinen Wasser- und Schwimmblattpflanzen, Schilf- gürtel bilden sich, eine reichhaltige Flora und Fauna besiedelt die Uferzonen.

Besonders auffällig sind die Wasservögel, die wie der Haubentaucher und das Blässhuhn als Brutvogel in den „Erfurter Seen“ leben oder die als Durchzügler bzw. Wintergäste die Seen aufsuchen, wie die Löffel-, Krick- und Tafelenten.

Neben den Seen hat das REK-Gebiet noch eine Reihe weiterer natuschutzrelevanter Flächen aufzuweisen. Der Niederungsbereich zwischen Stotternheim und Nöda weist einen hohen Anteil geschützter Biotope auf. Feucht- und Frischwiesenflächen, die zum Teil extensiv bewirtschaftet werden, sind von hoher faunistischer Bedeutung. Im westlichen Teil befinden sich das Flächennaturdenkmal "Salzwiese" und der "Auwald Nöda", ein Restbestand ehemals ausgedehnter naturnaher Feuchtwälder.

Geschützte Biotope existieren auch an den Ortsrändern von Nöda (Streuobstwiese), Riethnordhausen (Halb- trockenrasen) und Stotternheim (Altabgrabungen, Streu- obstwiese) sowie Feuchtwiesen am nordwestlichen Ortsrand.

Vorrangflächen des Naturschutzes im näheren Umfeld des Seengebietes sind:

• der auf Teilflächen als NSG geschützte Schwan- seer Forst, ein naturnahes und zugleich das größte geschlossene Waldgebiet im Thüringer Becken.
• die Naturschutzgebiete Alperstedter Ried und Haßleber Ried, bei denen es sich um Feuchtgebiete von überregionaler Bedeutung für den Naturschutz handelt.
• die Wüstung Mossendorf, ein aufgeforstetes Feuchtgebiet nördlich des Seengebietes, welches auf Restflächen noch eine schützenswerte Feuchtwiesenvegetation aufweist.